Нефрологическое отделение было создано в 1960 г. одним из первых в СССР. Тогда была организована лаборатория «Искусственная почка», основной задачей которой являлось лечение больных острой почечной недостаточностью. Руководил лабораторией член-корреспондент РАМН Г.П. Кулаков.
В 1965 г. на базе отделения впервые в СССР был проведен цикл обучения для врачей по специализации «искусственная почка». Отделение и сегодня является центром по внедрению новых методов лечения больных с почечной недостаточностью. В 1995 году отделение стало пионером по внедрению перитонеального диализа в стране. Здесь впервые в России, совместно с работниками кафедры нефрологии и гемодиализа РМАНПО, было начато лечение больных ХПН перитонеальным диализом. Эта работа в 2003 г. была отмечена премией города Москвы в области медицины (Ермоленко В.М, Меликян А.М., Шутов Е.В., Павлова Е.А.). Сотрудники отделения наряду с большой клинической и научной работой также участвуют в испытании новых лекарственных препаратов.