Хирургическая служба
Весь спектр оперативного вмешательства по направлениям: онкология, урология, гепатопанкреатобилиарная хирургия (хирургия печени и поджелудочной железы), сердечно-сосудистая хирургия, гинекология, проктология, кардиохирургия, аритмология, эндокринная хирургия, торакальная хирургия, травматология и ортопедия, нейрохирургия, офтальмология, оториноларингология, офтальмология, челюстно-лицевая хирургия, трансплантология.
Онкологическая служба
Включает Центр амбулаторной онкологической помощи и клиники общей онкологии, онкогематологии, абдоминальной онкологии, торакальной онкологии, онкопроктологии, онкогинекологии, онкогепатопанкреатологии, онкоурологии, офтальмоонкологии и др.
Гематологическая служба
Является координирующим центром всей муниципальной гематологии Москвы, состоит из Московского городского гематологического центра, двух клинических отделений и отделения переливания крови.
Офтальмологическая клиника
Офтальмологический центр с полным спектром диагностики и лечения заболеваний органа зрения: от консультативной помощи до сложнейших оперативных вмешательств на глазах, в том числе пересадка роговицы, которая в системе московского здравоохранения выполняется только в Боткинской больнице.
Анестезиолого-реанимационная служба
Представлена отделениями анестезиологии и реанимации для кардиологических больных, для больных хирургического профиля, для урологических больных и др.
Терапевтическая служба
Включает клиники: терапии, кардиологии, неврологии, пульмонологии, эндокринологии, гастроэнтерологии, нефрологии и гемодиализа, в который входит дневной стационар и отделение паллиативной медицинской помощи.
Диагностическая служба
Выполняются все основные виды ультразвуковых, эндоскопических, лучевых, КТ и МРТ и ангиографических исследований. Осуществляется всестороннее обследование пациентов методами функциональной диагностики.
Специализированные центры
На базе Боткинской больницы созданы специализированные центры для лечения заболеваний в области ортопедии, гематологии, кардиологии, неврологии, офтальмологии, нефрологии, эндоскопии и др.