Эндоскопическое отделение Боткинской больницы является одним из самых крупных отделений плановой и неотложной эндоскопической помощи в России. История отделения начинается в 1972 г., когда в составе хирургических отделений больницы был создан эндоскопический кабинет, явившийся одним из первых в стране.

Штат работников отделения составляют 26 человек, из них 10 врачей и 16 операционных медицинских сестёр. Среди врачей-эндоскопистов - 2 доктора медицинских наук, 3 кандидата медицинских наук, 3 врача высшей категории. Врачи эндоскопического отделения являются членами Российского эндоскопического общества, неоднократно проходили стажировки в странах Европы и в Южной Корее, активно участвуют в российских и международных медицинских конференциях, симпозиумах.

Отделение включает в себя 10 рабочих кабинетов, 2 из которых работают круглосуточно. На балансе отделения находятся более 70 медицинских эндоскопов. Инфекционная безопасность проводимых эндоскопических манипуляций обеспечивается автоматизированным и ручным способами обработки.

Отделение оснащено современным эндоскопическим оборудованием последних моделей. Исследование проводят с использованием видеосистем фирмы Olympus Exera II, а также Olympus  Lucera с возможностью фиксации изображения и обследования слизистой оболочки в узком спектре диапазона NBI и аутофлуоресценции, что позволяет диагностировать патологические изменения на самой ранней стадии развития болезни.

Отделение  является клинической базой кафедры эндоскопии ГБОУ ДПО РМАНПО МЗ РФ Минздрава России.

На протяжении нескольких десятилетий ежегодно в отделении выполняется более 22 тыс. диагностических и оперативных эндоскопических вмешательств амбулаторным и стационарным больным.

Выполняемые эндоскопические вмешательства:

- На органах желудочно-кишечного тракта;

- В панкреатобилиарной зоне;

- На трахее и бронхах.

Выполняются следующие виды эндоскопических лечебно-диагностических исследований с возможностью фото- и видеозаписи:

• Эзофагогастродуоденоскопия (ЭГДС) с технологией  NBI и аутофлуоресценции (формирование изображения при освещении в узком диапазоне частот) - для улучшения видимости капилляров и других структур на слизистой оболочке для исключения раннего рака с одновременным взятием биопсийного материала и/или мазков-отпечатков;
• Пристеночная рН-метрия для оценки уровня кислотности (определения кислотопродуцирующей функции желудка);
• Бужирование рубцовых пептических стенозов пищевода, а также рубцовых стриктур эзофагогастро- или эзофагоэнтероаностомозов;
• Пневмокардиодилятация в лечении ахалазии кардии;
• Эндосонография с одновременным проведением тонкоигольной пункции патологического очага для цитологического и морфологического исследования;
• Колоноскопия (КС) с технологией  NBI и аутофлуоресценции с одновременным взятием биопсийного материала и/или мазков-отпечатков;
• Ларинготрахеобронхоскопия с технологией  NBI с одновременным взятием биопсийного материала на морфологическое исследование и/или мазков-отпечатков на цитологическое исследование;
• Трахеобронхоскопия с одновременным проведением бронхоальвеолярного лаважа на микробиологическое исследование и/или на ПЦР;
• Заведение  назоинтестинальных зондов;
• Санационные трахеобронхоскопии при острых и хронических воспалительных заболеваниях органов бронхолёгочной системы;
• Эндоскопическое (лимфотропное) введение лекарственных препаратов при длительно текущих воспалительных заболеваниях лёгких;
• Диагностика и лечение повреждений трахеи (трахеопищеводные свищи, травматические повреждения).