В отделении проходят лечение пациенты с гемобластозами и депрессиями кроветворения. Значительную часть пациентов составляют больные с неходжкинскими лимфомами, острыми лейкозами и множественной миеломой. Лечение проводится с использованием современных программ, включающих методики высокодозной химиотерапии.

На базе гематологического отделения № 6 находится отделение подростковой и возрастной гематологии. Проводится терапия пациентам подросткового возраста (от 16 до 21 года) и молодым взрослым (до 40 лет) по поводу острых лейкозов, диффузных В-крупноклеточных лимфом (ДВККЛ), лимфомы Беркитта по протоколам, утверждённым для использования у детей в ФГУ ФНКЦ ДГОИ им. Д. Рогачёва. Организовано проведение комбинированной иммуносупрессивной терапии пациентам с апластической анемией. Для этого имеется специально оборудованная стерильная палата, оснащённая шлюзовым помещением и фильтрами для очистки воздуха. В данной палате проводится комбинированная иммуносупрессивная терапия с использованием АТГАМа.

В отделении также проводится работа по лечению больных с продвинутыми стадиями лимфом Ходжкина с использованием плотнодозовых режимов химиотерапии. Ведётся работа по предотвращению и лечению нейтропенической инфекции, а также по оценке эффективности лечения рецидивов острых лейкозов, лимфомы Ходжкина, осуществляется активное сотрудничество с трансплантационными центрами.

Тесное взаимодействие специалистов гематологических отделений Боткинской больницы и Московского городского гематологического центра на базе больницы способствует высокому уровню терапии, позволяя проводить курсовое лечение больных гемобластозами не только в стационаре, но и амбулаторно.

С 2005 года отделение принимает активное участие в различных многоцентровых клинических испытаниях, что позволяет внедрять высокотехнологичные методы обследования и лечения.